Atlantisz KockanadrantiszSpongyaBob megtalálja egy ősi medál elveszettnek hitt felét. Úgy tartják, hogy a medál az ősi városból, Atlantiszból származik. Mikor összeilleszti a két felet, egy varázslatos jármű jelenik meg, hogy elvigye Bobot a legendás városba.
A tenger mélyének vidám életébe kukkant a sorozat. Itt él Spongyabob Kockanadrág, a tengeri szivacs Csigusszal Tunycsáp, a tintahal és Patrik, a tengeri csillag szomszédságában. A Rozsdás Rákolló étteremben dolgozó SpongyBob élete korántsem egyhangú, már csak az itt megforduló fura vendégek miatt sem.